حضرت آیت الله سید هاشم حسینی بوشهری «دامت برکاته» طی سخنانی خطاب به کارکنان حوزههای علمیه به بخشی از فعالیتهای مدیریت حوزههای علمیه در سال 1393 اشاره کردند و فرمودند: ابلاغ ساختار سازمانی ستاد و صف، انجام طرح آمایش سرزمینی، ارتباط مستمر میان شورا و مدیریت حوزههای علمیه، پیگیری موقوفات حوزههای علمیه، ارتقاء سطح علمی کارکنان، تکمیل 40 پروژه ناقص، شروع 200 پروژه در کشور، تهیه تقویم تحصیلی، تدوین متون جدید برای سطح یک، اعزام 700 استاد اخلاق به سراسر کشور، فعالیت روحانیون در 1100 مدرسه امین، اجرای طرح بینات، تبلیغ مجازی در اینترنت و شبکههای اجتماعی و ... از جمله فعالیتهای معاونتهای مختلف حوزه بوده است.
مدیر حوزههای علمیه کشور استمرار برنامههای مفید، نظم در کار، تعامل مناسب با مدیریتهای استانی، ایجاد روحیه نشاط و شادابی در میان کارکنان، اهتمام به مصوبات شورای عالی حوزه های علمیه، عملیاتی سازی شعار سال با رفتار و نیات، شرکت فعالانه در اصلاح سیستم، تکریم ارباب رجوع، رعایت بیت المال، پرهیز از دسته بندی در محیط کار و ... از جمله توصیههای خود به کارکنان مرکز عنوان کردند.
آیت الله حسینی بوشهری در پایان با بیان این در حوزه دسته بندی امکان ندارد چرا که دشمن داریم و باید هوشیار باشیم فرمودند:امروز دشمن از هر جا و راهی که بتواند میخواهد ضربه بزند ودر کار و امور حوزه اخلال ایجاد کند؛ بنابر این باید هوشیار باشیم و برای اعتلای حوزه از تمام توان خود استفاده کنیم.