مدیر حوزه‌های علمیه سراسر کشور با اشاره به ویژگی های علمی و معرفتی آیت الله خوانساری، وی را افتخار تشیع خواند و فرمودند: آیت‌الله خوانساری اساسا هیچ خواسته‌ای نداشت و راضی به رضای الهی بود و هرجا که خدا راضی بود در آنجا قدم می‌گذاشت، اینگونه رفتارها فقط در انبیاء و اولیا و عالمان وارسته دینی دیده می‌شود.
حضرت آیت‌الله سید هاشم حسینی بوشهری، مدیر حوزه‌های علمیه سراسر کشور در مراسم بیست و نهمین سالگرد بزرگداشت مرحوم آیت‌الله خوانساری، طی سخنانی در تبیین ویژگی های علمی و معرفتی آیت الله خوانساری، به آیاتی از قرآن کریم استناد کردند و بیان داشتند: 80 مورد در قرآن کریم در مورد علم و عالم سخن گفته شده است و خداوند می‌فرماید که همان‌گونه که ظلمت مانند نور نیست جاهل و دانا هم همانند هم نیستند، بنابراین هرگز قرارگرفتن این دو با هم صحیح نیست و آیات و روایات بسیاری در مورد جایگاه علم و عالم وجود دارد که به این نکته اشاره دارد.
امام جمعه قم با اشاره به روایات اسلامی در تجلیل از علم و عالم ا فزودند: نبی مکرم اسلام(ص) می‌فرماید اگر کسی عالمی را تکریم کند گویی رسول‌الله را تکریم کرده است و اگر کسی رسول‌الله را تکریم کند گویی خداوند را تکریم کرده و اگر کسی خدا را تکریم کند مانند آن است که مسیر او در بهشت باشد.
آیت الله حسینی بوشهری افزودند: این همه تعریف و تمجید در مورد عالمان دینی نشان‌دهنده جایگاه بالای این عالمان است به گونه‌ای که حضرت زهرا(س) از پیامبر (ص) نقل کرده که علما در فردای قیامت محشور می‌شوند به خاطر علم و دانشی که دارند و سال‌های متمادی در کنار مردم و در مسیر هدایت و هدایت مردم بوده‌اند و خداوند در فردای قیامت آنها را مورد تشویق قرار می‌دهد.
ایشان با اشاره به شخصیت علمی و مردمی آیت‌الله خوانساری فرمودند: امام صادق (ع) در روایتی فرمود عالمان دین مرزبانان هستند همان‌گونه که بسیج، سپاه، ارتش، مرزبانی جغرافیایی کشور را بر عهده دارند عالمان دین هم حافظ مرزهای فکری جامعه هستند.
استاد سطوح عالی حوزه علمیه قم، شهدا را تربیت‌شده مکتب عالمان دینی خواندند و فرمودند: ارزش سطری که یک عالم می‌نویسد برای جامعه بسیار است، به عنوان نمونه میرزای شیرازی یک جمله در مورد تحریم تنباکو نوشت و جامعه و افکار مردم را بیدار کرد و دستگاه حکومت را خراب کرد. بالاترین سرمایه انسان ایمان است، هر کس ایمان داشته باشد گویا همه چیز را دارد.
وی آیت‌الله خوانساری را افتخار تشیع و شیعه دانستند و فرمودند: این عالم برجسته از شخصیت‌های برجسته‌ای است که در جلسه‌ای که در مورد عدالت آیت الله خوانساری سخن گفته می‌شد امام (ره) فرمودند من در مورد عصمت ایشان هم بحث و صحبت دارم و آیت‌الله حائری نیز فرمودند اگر اجتهاد را به هرگونه معنا کنید آیت‌الله خوانساری عادل و مجتهد است.
آیت الله حسینی بوشهری در ادامه اظهار داشتند: آیت الله خوانساری اساسا هیچ خواسته‌ای نداشت و راضی به رضای الهی بود هرجا که خدا راضی بود در آنجا قدم می‌گذاشت. اینگونه افراد کم هستند و اینگونه رفتارها فقط در انبیاء و اولیا و عالمان وارسته دینی دیده می‌شود. بازاریان بعد از حضور در جلسه فقه ایشان، درب مغازه خود را باز می‌کردند چون در کسب و کار به حلال و حرام توجه داشته باشند